Drzwi, ściany i podłogi do pomieszczeń czystych powinny być odpowiednie do klasy czystości pomieszczenia ISO określonej zgodnie z normą ISO 14644-1. Drzwi, ściany i posadzki muszą być również odporne na obciążenie statyczne i dynamiczne przewidziane w projekcie dla danego Cleanroom, odporne na stosowane w pomieszczeniu czystym preparaty myjąco-dezynfekujące. W wielu Cleanroom znaczenie będzie miała również odpowiednia izolacyjność (współczynnik przewodzenia ciepła). Aby uniknąć zjawiska olśnienia/ oślepienia, drzwi, panele ścienne cleanroom oraz posadzki nie powinny odbijać światła (powinny rozpraszać promienie świetlne), a w samym pomieszczeniu czystym powinno się zastosować barwę światła w optymalnym zakresie długości fali.

Ściany w miejscach narażonych na uszkodzenia powinny być zabezpieczone przed przetarciami i ubytkami na skutek np. uderzeń przez wózki widłowe lub transport materiałów. Podłogi i posadzki do pomieszczeń czystych powinny być nieporowate, antypoślizgowe, odporne na ścieranie, przewodzące ładunki elektrostatyczne, odporne na środki chemiczne pochodzące zarówno z procesów prowadzonych w cleanroom, jak i wykorzystywanych do mycia pomieszczenia czystego. Podłogi powinny być oporne na obciążania statyczne i dynamiczne. Podniesione podłogi mogą być stosowane do poprowadzenia pod nimi instalacji technologicznych (np. sprężonego powietrza spełniającego wymagania ISO 8573-1, wody). Perforowane podniesione podłogi stosowane są do utworzenia ścieżki powrotu powietrza (instalacji wentylacji cleanroom). Drzwi do pomieszczeń czystych powinny posiadać ograniczone powierzchnie poziome i szczeliny, w których mogłyby się gromadzić cząstki i zanieczyszczenia.