Wszystkie komponenty systemu HVAC (wentylator, filtry wstępne, filtry końcowe HEPA 13 i HEPA 14, kanały powietrza, rury spiro) zainstalowane na potrzeby dostarczania i przygotowania powietrza do pomieszczeń czystych nie mogą generować i uwalniać cząstek zanieczyszczeń, co mogłoby prowadzić do trudności w osiągnieciu wymaganej przez pomieszczenie klasy czystości pyłowej ISO 14644-1. Kanały, którymi transportowane jest powietrze do clean room, powinny już na etapie projektowania pomieszczenia czystego posiadać wyspecyfikowany stopień szczelności, być przechowywane przed montażem w czystym pomieszczeniu i zabezpieczone przed zabrudzeniem, odpowiednio uszczelnione na etapie montażu systemu wentylacji. Filtry końcowe HEPA montowane są zazwyczaj w suficie, czyli przed samym wprowadzeniem oczyszczonego powietrza do clean room. Rzadziej filtry końcowe montuje się w pewnym oddaleniu od pomieszczenia czystego (w centrali wentylacyjnej). Zdalny montaż filtrów HEPA dopuszczalny jest dla niższych klas czystości cleanroom np. ISO 7 i ISO 8, przy czym nie jest on zalecany ze względu na ryzyko wtórnego zanieczyszczenia przefiltrowanego już powietrza na drodze między filtrem a nawiewnikiem. Montując filtr HEPA w centrali wentylacyjnej, a nie w nawiewniku (suficie) pomieszczenia czystego, znacząco utrudnione zostaje przeprowadzenie testu integralności filtra HEPA.

Wybierając typ filtra HEPA należy mieć na uwadze nie tylko dopuszczalny stopień przecieku filtra (skuteczności filtracji), ale również występujący spadek ciśnienia na filtrze – ma to kluczowe znaczenie dla doboru mocy wentylatora, a więc i kosztu budowy instalacji, generowanego hałasu przez system wentylacji, obciążenia dla konstrukcji budynku.